İkizler Projesi, eski bir kiralık katilin peşine düşen klonundan kurtulmak için verdiği mücadeleyi konu ediyor. Henry, işinde uzman olan bir kiralık katildir. Artık bu işlerden kurtulup hayatına yeni bir yön vermek isteyen Henry, bir anda kendisini büyük bir girdabın içinde bulur. Kiralık katilin peşine, kendisini öldürmek için gizli bir ajan düşmüştür. Üstelik peşindeki ajan, Henry’den 25 yıl önce alınan genlerle oluşturulan bir klondur. Henry, her hareketini önceden tahmin edebilen bu klonunda kurtulmak için zorlu bir savaş vermek zorunda kalır.